ソラが「キーブレード」を手にするより以前世界には“光”と“闇”の均衡を見守り、秩序を保たせるキーブレードの使い手「キーブレードマスター」が存在した。
その中の一人であるマスター・エラクゥスのもとでは、テラ、ヴェントゥス、アクアの３人がキーブレードマスターを目指して日々修行に励んでいた。
ある日、マスター・エラクゥスの古い友人イェン・シッドから、世界に起きている異変とマスター・ゼアノートの失踪の知らせが入る。
マスター・エラクゥスは、テラとキーブレードマスターになったばかりのアクアに異変について調査を命じる。まだ修行中の身であるヴェントゥスもまた、テラを追って外の世界へと飛び出してしまう。
それぞれの想いを胸に秘め、冒険の旅に出る３人。その先に大いなる災いが待ち受けているとも知らずに──。
プライドの高い王妃は、白雪姫の美しさに嫉妬し、白雪姫をあらゆる手で追い詰めていく。主人公たちは、白雪姫を狙う王妃の策略に巻き込まれていくことに…。
魔女マレフィセントがオーロラ姫にかけた呪いの影響で、城の者全員が眠りについている。マスター・ゼアノートから、光の心が世界の扉を開ける鍵となることを聞いたマレフィセントは、光の心を集めるために動きだす。
オリンポスコロシアムでは、日々闘技大会が開催されている。3人は、英雄になるために修行にはげむヘラクレスとザックスに出会う。その裏では、強い手下を求めて画策するハデスの姿があった。
誰も大人にならない夢の国。ここには自由に空を飛ぶ少年ピーター・パンが子供たちと宝さがしをしていた。「光がつまった箱」を守ったり、流れ星をさがしたりと、様々な冒険が繰り広げられる。
3人は巨大な宇宙船の中で、”宇宙最強の生きもの”とされる試作品626号と出会う。破壊のためだけに作られたという試作品626号だが、テラやヴェントゥス、アクアから「友だち」や「絆」を学ぶのだった。
ミッキーが治めるディズニーキャッスルの城下町。住人以外は招待券がないと街に入ることができない。現在、年に一度の「ドリーム・フェスティバル」が開催され、大変なにぎわいを見せている。
トレメイン夫人と義理の姉たちに毎日こき使われ、辛い日々を送っているが、それでも夢は必ず叶うと信じるシンデレラの純粋な光の心は、トレメイン夫人たちの心の闇を強くしていた。
光に満ち、美しい花々に囲まれた街。中央にある城には街を治める賢者アンセムが弟子たちに守られて暮らしている。ここでは様々な出会いがまっている。
大魔法使いであり、光の世界を見守る賢人イェン・シッドが住んでいる塔。ここでは彼の弟子であるミッキーも日々修行にいそしんでいた。しかし、世界の異変に気づいたミッキーは、無断で旅に出てしまう。
暖かい光に導かれてたどり着いた島では、テラとヴェントゥスによく似た雰囲気の2人の少年が無邪気に遊んでいた。テラは「大切なものを守るために強くなりたい」というリクに己の姿を重ね、キーブレード継承の儀式を行う。
マレフィセント・ドラゴンのブレス攻撃を、キーブレードから放出！
グーフィーの力を借りれば、グーフィーが得意なあの突進アタックも可能！
仲間との共闘も！力を合わせて強敵を倒そう！
バトルコマンドをデッキにセットすることで、バトル中にさまざまな技を繰り出すことができる。物理攻撃を主体とするアタックコマンドや、魔法を発動させるマジックコマンド、他にも多種多数のコマンドがあるので、好みにあわせて組み合わせた、自分だけのデッキを作ろう！
敵に攻撃を続けるとコマンドゲージが溜まり、MAXになるとフィニッシュコマンドが発動！
ヴェントゥス専用のスタイル。光のブレードを背負い、そのブレードをつかって素早い動きで敵を追い詰める！
アクア専用のスタイル。ワープして敵を翻弄！ワープ中は一瞬無敵状態になり、残像が残る。
テラ専用のスタイル。威力が高く、闇の力をまとった武器や手で攻撃を行う！
フォーカスゲージを消費して敵をロックオンした数だけ、遠隔攻撃を発動させることができる。シュートロックコマンドは、ロックオンした敵を爆発させたり、無数の弾を発射して攻撃するものなど、色々な種類が存在する！
クリアした後再びキーブレード墓場へ訪れると戦うことができる強敵！素早い動きで、分身や暗闇攻撃などのあらゆる厄介な攻撃をしかけてくる！
ミラージュアリーナで戦うことができる強敵！目にもとまらぬスピードで空中を滑空したり、キーブレードだけではなく体術での攻撃もしかけてくる！KH2.5では、AIや動きを一部変え、さらにバトルに磨きがかかった
フィールド上に点在するステッカークラウンを集めて、ステッカーアルバムに張ることでポイントがたまる！ポイントが一定量たまると強力なコマンドを入手することができる。
世界中にアンヴァースのシンボルが出現！調べるとバトルミッションがスタートする。ハイスコアを出すことで新たなコマンドが手に入る！
ミラージュアリーナでは、アリーナモードで敵と戦ったり、コマンドボードやランブルレーシングなどで遊べる！通信機能がなくなった変わりに「ボーナスチャレンジ」機能を追加！手ごたえのあるバトルに挑戦でき、一人で楽しめるようになった！
ミラージュアリーナに訪れたら端末にアクセス！
アリーナモードでしか戦えない敵もたくさんいる！いろいろな敵と戦ってボーナスチャレンジも狙おう！
対戦型のスゴロクゲームで、バトルコマンドを得ることができる！より多くのBP（ボードポイント）を集めて1位をねらえ！
ディズニータウンでは、レースやフルーツボール、リズムゲームなどのミニゲームを楽しむことができる！
「ラストエピソード」と「シークレットムービー」の間、闇の世界をさまようアクアを操作できる。シークレットムービーまでの約10年間に彼女の身に起こった出来事とは──
黒いコートをまとった謎の男。両手にブレードを構え、素早い動きで特殊な攻撃を仕掛けてくる。
オリジナル版KHBbSをプレイした方でも楽しめるファイナルミックス版での追加要素が満載！ 新たな物語がプレイできるシークレットエピソードの追加や、バトルを盛り上げる数々の技、そして強力なボス敵たちとのバトルも楽しめます。
（その他ミニゲーム、コレクション要素など多数の要素が追加）
HD版としての高画質化はもちろん、キャラクターや背景のテクスチャー等を最新のものに変更。より鮮明になった美しい世界で、表情豊かなキャラクターたちに出会えます。
ファイナルミックス版では英語だったキャラクターのボイスを、日本語に変更。より物語に感情移入できるようになりました。
ゲームをクリアすると、ご褒美としてPS3®カスタムテーマが入手可能！
ゲーム内に実装されているトロフィーとは別に、新たにトロフィー機能も追加！ コンプリートしてやりこもう！
