DS版で追加されたミッションは、普通にゲームを進行していると出現するものの他に、街での会話がフラグになっているものがあります。
例えば下の画面。O.C.U.編MISSION8が終了した時点でのフリーダム市のバーです。

1.バーにいるバートに話しかけるとダムの話題が。

2.さらにバートに話しかけると…


3.ヤンが会話に混じってきます。            


4.街を出てみると、通常のルート以外にもミッショ
  ンを表すマークが出現します。

追加ミッションは、比較的、難易度が高めに設定されています。すぐに挑戦するかどうかは、プレイヤーの自由です。ただし、本来のストーリーを進めた場合、ミッションが消えてしまう場合があります。(追加ミッションをクリアしなくてもゲームは進行できます)
紹介した追加ミッション以外にも、隠されているミッションがあります。
ぜひ探してみてください!